Hallo doc,
wenn du an der Strecke von Windhoek nach Swakopmund eine günstige Übernachtung suchst, werden sicherlich nur die Städte/Ortschaften: Okahandja, Wilhelmstal Karibib und Usakos in Frage kommen.
Auf halben Weg, in Karibib gibt es "Thommys Lodge" ist ein B&B/Backpackers mit Betten ab 160.-N$, ich kann allerdings nichts über die Qualität der Unterkunft sagen.
Ich würde den Standart allerdings so niedrig, wie den Preis einstufen.
Grundsätzlich wirst du in allen Ortschaften eine/mehrere Unterkünfte finden, einfach schauen bzw. es laufen ja genug Leute herum die man Fragen kann.
Aber nochmal, diese Unterkünfte sind dann auch wirklich sehr "basic".
Einträchtliche Grüße